Trước khi có sự nghiệp chính trị cao cấp, Namayanja làm việc như một nhà đăng ký học thuật cho Văn phòng kế toán ánh sáng năm 1998. Từ năm 1999 đến 2001, bà làm nhân viên chính trị tại Nhà nước Kampala. Namayanja bắt đầu sự nghiệp chính trị của mình với tư cách là một sinh viên và lãnh đạo thanh niên tại Đại học Makerere năm 1995. Bàlà một thành viên sáng lập của Đảng Dân chủ Trẻ tuổi (UYD), cánh trẻ của Đảng Dân chủ (DP) của Uganda. Theo Namayanja, bà đã có cảm hứng từ những người trẻ tuổi trong chính trị như Noble Mayombo và hơn nữa từ những người phụ nữ mạnh mẽ trong chính trị như cựu phó chủ tịch của Uganda TS Specioza Naigaga Wandira Kazibwe, Winnie Byanyima, Janat Mukwaya và Cecilia Ogwal. Mong muốn đóng góp để xây dựng lại Tam giác Luwero, quê hương và nhà hát Yoweri Museveni đã khiến Namayanja nhắm đến các vị trí chính trị có ảnh hưởng hơn.